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El programa de estudios de la Maestría en Ciencias en la Especialidad de Matemática Educativa que se cursa en dos años, está estructurado en tres fases:
Formación básica para la investigación.
En esta fase se proporcionan los elementos básicos del campo de estudio, sus modelos teóricos, métodos y técnicas, así como los alcances actuales, tanto a nivel nacional como internacional de la investigación en el área de la Matemática Educativa.
Desarrollo de la investigación.
Las actividades de esta fase están dirigidas al diseño y desarrollo de la investigación de un problema relativo a un proyecto o temática de una de las áreas:
Producto de la investigación y obtención de grado.
En esta fase final, el estudiante deberá presentar en la modalidad de tesis los resultados de la investigación, misma que defenderá en un examen para la obtención del grado de maestro en ciencias.